حول كلورهكسيدين عامل مضاد للميكروبات بيسبيغوانيد، المضادة للعدوى، مطهر. آلية عمل الكلورهيكسيدين هذا الدواء له شحنة موجبة لذلك نعلق على جدار الخلية شحنة السلبية. هذا يزعزع ويدمر سلامة ويغلغل أغشية الخلايا البكتيرية. فإنه يؤدي هطول الأمطار السيتوبلازم ويتداخل مع وظيفة الغشاء عن طريق تثبيط استخدام الأكسجين مما يؤدي إلى انخفاض في مستويات أتب الخلوية والموت الخلية. في البكتيريا سالبة الجرام، يؤثر الكلورهيكسيدين على الغشاء الخارجي السماح للافراج عن الانزيمات متعلق بالجسم. الغشاء الداخلي لهذه الكائنات لا تمزق ولكن امتصاص الجزيئات الصغيرة ضعاف. في تركيزات منخفضة الكلورهيكسيدين يسلك تأثير جراثيم بينما في تركيزات عالية هو مبيد للجراثيم.