لمنع وعلاج القرحة الهضمية التي يمكن أن تحدث كأثر جانبي للعقاقير غير الستيرويدية المضادة للالتهابات (المسكنات) ، مثل ديكلوفيناك ، كما أنه يخفف آثار جانبية مثل عسر الهضم التي يمكن أن تترافق مع أخذ هذه الأدوية ، كما يستخدم أوميبرازول جنبا إلى جنب مع المضادات الحيوية للمساعدة في القضاء على بكتيريا تسمى هيليكوباكتر بيلوري في المعدة ، ويمكن لهذه البكتيريا ان تساهم في تشكيل القرحة الهضمية